不息，上书灵帝，建议改刺史为州牧，以重其职。刺史本为监察官。东汉以来，渐向地方行政官转化，拥有一州军政大机，灵帝为镇压此起彼伏的农民起义，遂从刘焉之议，改刺史为州牧，并选派列卿、尚书出任州牧。于是，州牧成于居于郡之上和行政长官，握有一州行政大权，职位甚重。从此州牧各据一方，形同割据政权。这种状况最终演化成为汉末诸侯割据分争的局面。
中平五年（1）八月，汉廷在西园成立统帅部，组织起一支新军。新军统帅部共设八校尉：上军校尉宦官蹇硕、中军校尉袁绍、下军校尉鲍鸿、典军校尉曹操、助军左校尉赵融、助军右校尉冯芳、左校尉夏牟、右校尉淳于琼。其中上军校尉何进也要听蹇硕指挥。上军校尉蹇硕成为全国军队的最高统帅。
中平五年（1），巴郡（今四川重庆北嘉陵江北岸）黄巾军起，巴郡板楯蛮乘势再起，攻打郡县，抄略城邑。汉廷派遣西园上军别部司马赵瑾率军进讨，随即将板楯蛮平定。
中平五年（1）六月，益州（今四川成都）百姓马相、赵祗等于绵竹（今属四川）起兵，自称黄巾，杀益州刺史却俭，进攻巴郡（今四川重庆北嘉陵江北岸）、犍为郡（今四川彭山东）。一月之间，攻略三郡，马相自称天子，有兵数万人。益州从事贾龙集聚州郡兵进讨，马相军很快失败。
中平五年（1），冀州（今河北临漳西南）刺史王芬、南阳郡（今河南南阳）人许攸、沛国（今安徽濉县西北）人周旌等见天象不利于宦者，准备尽诛宦官，废掉汉灵帝，改立汉宗室合肥侯为帝。
于是，王芬等边结豪杰，预作准备，曾连结曹操（魏太祖），曹操认为时机未到，不可轻动。回信拒绝。不久，灵帝欲北巡间（今河北献县东南）旧宅，王芬等准备乘机发难，乃止书诡称黑山军攻劫郡县，求起兵进讨。
这时，太史认为天时不利，“不宜北行”。灵帝遂止，并敕王芬罢兵，随之又征王芬入朝。王芬惧事败露，自杀身死。
中平六年（189）二月，春季，王国的部队疲惫不堪，解围撤退。皇甫嵩下令进军追击，董卓说：“不行。兵法上说： ‘穷寇勿迫，归众勿追。’”皇甫嵩说：“不然，以前我们不进攻，是躲避他们的锐气；如今发动进攻，是等到他们士气已经低落。我们目前所攻击的是疲惫之师，而不是‘归众’；王国的部队正要逃走，已无斗志，并不是‘穷寇’。 ”
于是皇甫嵩独自率军进击，命令董卓作后援。皇甫嵩边连续进攻，大获全胜，斩杀一万多人。董卓大为羞惭恼恨，从此与皇甫嵩结下仇恨。
后来灵帝病重，任命董卓为并州牧，让他把部队交给皇甫嵩统领。董卓不肯奉命。皇甫嵩的侄儿皇甫郦认为董卓逆命怀奸，罪在不赦，力劝皇甫嵩兴兵讨伐。
皇甫嵩说：“董卓不听命虽然有罪，但我专诛也是有责的。不如正大光明地上奏，让朝廷处理此事。”于是将此事上奏，朝廷责备董卓，董卓对皇甫嵩更增怨恨。
韩遂等人共同废掉王国的首领地位，胁迫前信都县令汉阳人阎忠担任首领，统率各部。阎忠病死，韩遂等人逐渐争权夺利，继而互相攻杀，于是势力逐渐衰弱。
幽州牧刘虞到任后，派使臣到鲜卑部落去，告诉他们利害，责令他们斩送张举和张纯的人头，悬以重赏。丘力居等听说刘虞来到幽州，都很高兴，各派翻译来晋见刘虞，自动归降。
张举、张纯逃到塞外，所余部下全都投降或逃散。刘虞上奏，请求将征集的各部队全部遣散，只留下降虏校尉公孙瓒，率领步、骑兵一万人，驻扎在右北平。
三月，张纯的门客王政刺杀张纯，带张纯的人头去见刘虞。公孙瓒决心用武力消灭乌桓部落，而刘虞想用恩德和信义来招降他们，因此两人之间产生矛盾。
东汉一代在继承西汉的军事体制基础上做出了不小的调整，特别是在中央禁军的编制和兵员的招募方式上。汉末三国时期战乱频繁各方势力的军制都有不同的变化，这里简单列举一些军队一般情况下的构成编制。
东汉军队为部曲为基本单位，每曲500人，二曲1000人为部，二五制。部上设营编制为5000人，二营为军。曲下设5屯，每屯100人，屯下设2队，队下什和伍。
汉代军职：伍长－什长－都伯－百人将－牙门将、骑督、部曲督等－别部司马（军司马）－都尉（骑都尉）－校尉
中郎将（五官、左、右、虎贲中郎将类同五校）－裨将军－偏将军－杂号将军
四征、四镇、前后左右将军－卫将军－骠骑、车骑将军－大将军
中平六年189正月，洛阳，袁家府邸。
庭院中矗立着一位华服少年，十四五岁的样子，他负手而立，似乎在等待着什么。不久，从正门进来一位三十几许的男子，未见其人先闻其声“恕罪，恕罪，显奕侄儿，我来迟了，大将军府刚议事完也就过来了，哈哈”说话的这人就是袁绍的谋士许攸，字子远。
而那华服少年则是袁绍之子袁熙。“不迟，不迟，世叔莫怪，当是小侄不是。”袁熙一边赔不是一边递给许攸一块翡翠，许攸微微一笑也不推辞，随即说道“大将军府议事，大将军等人打算诛杀宦官，不过众人并未谈妥，不过有人打算召集地方军队清君侧。”
许攸顿了一顿，许攸因为身为谋士，旁观者清认为当下只有起兵才是唯一出路，所以决心试探袁熙，他叹息说道：“眼看天下大乱，狼烟四起，生灵涂炭，唉，何时才能天下太平啊？”
只见袁熙挥手打断道“要想天下太平，就必须能人出世，拯救天下百姓！”许攸不置可否微微一笑问道：“如此乱世，到哪里去找汉高祖刘邦、光武帝刘秀那样的能人呢？”袁熙不虞有他说道：“怎么能说没有汉高祖、光武帝呢？恐怕是没有人识才罢了！许世叔须知，千里马常有，而伯乐不常有。”
许攸笑道：“我自以为是个伯乐，你是一匹千里马，我来相相你，不知你是否情愿？” 两人志同道合，于是秘密商议起来。
通过这袁熙院中倾心交谈，袁熙与许攸结为密友成为忘年之交。在袁绍鼎定河北后，许攸担任谋主近臣，地位仅次于淳于琼。
当郭图、辛评成为大公子袁谭的强有力支柱时，许攸则与淳于琼、等暗中或明或暗共同支持袁熙，使袁熙在与大公子袁谭的夺权斗争中有了坚定的拥护者。
这一条路注定不是一个人的游戏，它需要一个团体需要一个势力相互推动相互成就。
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