总的来说，中低级军官的差遣级别都普遍虚高，本官级别却偏低。差遣代表职责，本官代表荣誉和待遇，显然不太匹配。
朱由榔大笔一挥，将把总领兵额规定为三十人，千总领三个把总队，兵额一百。都司领四个到五个千总队，兵额五百。游击领三到四个都司队，兵额两千。其他备御、守备之类差遣通通弃用，或转为副千总，或转为副都司。
曾经手里有一百多士兵的把总，升职为代千总。什么时候立功，什么时候把代字去掉。从千总开始设立副官，协助正职管理队伍，听从正职指挥。
本官级别也和差遣重新对应，把总对应正六品百户，千总对应正五品千户，都司对应正四品指挥佥事，游击对应正三品都指挥佥事。副职以此类推。
朱由榔还制定了一条军规，在部队混乱，找不到上级指挥官的情况下，士兵要接受身边其他军官的指挥，不管这个人是否是自己直属上司。战后再重新回到自己所属的部队。
这样一来，每个军官都有明确的上级，废除以前大小相制的管理方法。每个军官都有明确的升迁步骤，有能力，能立功就可以升官，不再有管着好几百兵却还是个把总的现象。
总的来说，就是尽量让编制都满员，拉出去就能打仗。在比较惨烈的战况下，依然可以保持建制。
改编完成后，朱由榔在安沛附近找了个山谷，分批拉部队进行军事演习，检验混乱战局下重建组织度的能力。
演习效果差得惊人。只要部队发生混乱，没有一天都不能将士兵重新组织起来。如果演习地点不是在山谷里，出口都被事先堵住，很多士兵肯定都不知走散到哪里去了。
众将对这种高难度的要求比较绝望。打起仗来，军官就是要盯死自己的手下，一旦走散，短期不可能有方法将士兵重新组织起来。
朱由榔觉得肯定有办法，只是大家没有找到。几百年后，有一支军队转战几万里，还能保持很高的组织度。大家都是人，怎么可能差那么远呢？
他连续观察了好几天，终于发现问题所在。都司以上的中高级军官参加完军事会议后，并没有将本队的战术目标明确传达到把总一级。
千总一级收到的战斗指令都很模糊，只知道自己下一步要做什么，不知道总体计划，更不知道别的千总队在干什么。
为了应对这种情况，朱由榔决定强制中级军官开完军事会议，要在千总、把总之间再开一次小型军事会议。都司当众讲述战术目标，当众安排各千总队、把总队的战斗任务，不能像以前那样搞暗箱操作。
很多高级将领都提到了保密的问题。在混战中，千总一级被俘的概率都很高
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