玉门逼宫事件发生，内阁、六部、都察院、小九卿、翰林院、通政司都牵扯进来，如果把他们都关进镇抚司大牢，那么朝廷就为之一空，万历皇帝这里犯了难。
第二天太子少保刑部尚书严清上奏：“太祖曾有圣训，天子应广听下情，亏陛下圣明，励精图治，一扫奸邪，天下盛世已至，圣上奉天法祖，本该总揽朝政，如遇大事应召集群臣商议，群臣有背圣上，可敕臣等镇压，切不可动刀兵。”
严清的这道奏疏，恰到好处，搬出组训规劝万历皇帝，然后又吹捧一番，同时给万历皇帝和张居正等群臣矛盾一个台阶下。
万历皇帝当时批复，召集群臣商议。
现在革除所有官员，毕竟不太好，这些人万历皇帝都记住，准备以后再找他们算账，不过也不能不教训他们。
万历皇帝下敕谕：“内阁辅臣大学士潘晟、礼部尚书方逢时押解到镇抚司，敕令都察院审讯定罪。”
这两个人都是张居正的楚党，现在张居正朝中党羽还有不少，不过这两个月，曾省吾、潘晟、方逢时接连被拿下，朝中官员也知道，张居正倒台不远。
当方逢时、潘晟被关进镇抚司后，万历皇帝又下谕：“在京官员自陈，论黜不究。”
万历皇帝的意思很明显，主动认错不追究，这道上谕的意思，就是让官员们主动认逼宫的举动，上奏疏就是认罪伏法，万历皇帝宽仁大量，放过你们，显示皇恩浩荡。
京城城门关闭两天，这次逼宫事件一百多官员被治罪，大学士潘晟、礼部尚书方逢时、太仆寺卿、礼部右侍郎、兵部左侍郎、都察院佥都御史、鸿胪寺少卿、翰林院侍读学士、礼部、工部、刑部、户部、吏部、兵部等官员或辞官或被缉捕至镇抚司、刑部大牢。
万历皇帝敕令抄家，所得财务全部运到内库，同时上谕：“蠲免山西、北直隶、辽东全年赋税，以抚慰百姓。”
京城原有官员两千两百人，京察、逼宫事件、以及诽谤皇帝，这三次清理掉在京官员两百一十七人，等待这些官员的将会是漫长的审问。
查抄定国公府、成国公府、武清伯府、潘晟、曾省吾、方逢时府邸，所得财务白银三百万两、黄金五万两、各类物品折银两百万两，这还不算田地、商铺、房契，还有这些官员老家。
虽说一口气大杀四方，畅快非常，留下的烂摊子不好收拾，张居正告病闭门不出，儿子张懋修当场死亡，张府办白事。
万历皇帝虽然斩杀他，还是派内侍送去奠仪。
内阁辅臣、礼部尚书、都察院右督御史、吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部侍郎砍掉一半，如果不能立即处理好人事，那么朝廷将会出现停摆。
八月二十七，举行廷议。
升吏部尚书王国光为东阁大学士，任户部尚书。
户部尚书张学颜，任礼部尚书。
内阁辅臣申时行任吏部尚书，属理吏部事。
杨魏任兵部尚书。
工部尚书、刑部尚书不变。
召赋闲在家王锡爵为吏部左侍郎。
召杨兆为户部左侍郎。
升沈鲤为礼部左侍郎。
翌日再次廷议，万历皇帝下旨：“召回因得罪张居正被罢黜官员，进京铨选任用。”
看似轰轰烈烈的逼宫事件，就这样被万历皇帝摆平，同时整个大明官场都清楚，清算早晚要轮到张居正，现在把因为得罪张居正被罢黜的官员召回，就是为清算张居正预热。
万历皇帝这这波操作，用意非常明显，设立政治标杆，否认张居正、潘晟、方逢时等人。
第二：缓和官员和皇帝矛盾，这场逼宫事件认定张居正及党羽，其他人没罪，杨魏、杨兆都是北方人，重用北方系信号。
张四维、王国光都是北方系，他们都是山西出身，让王国光进内阁，就是提前保张四维接任内阁首辅，确保北方军事安定。
杨魏、杨兆同样也是北方人，他们二人又是万历皇帝提拔的，用来平衡朝政。
同时为了平衡张四维、王国光等人，提拔王锡爵、舒化等江南人，不至于让北方人一家独大。
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